Oneglia restò sempre nel cuore di Andrea Doria. In omaggio alla sua città natale vi condusse, il 20 giugno 1538, Carlo V e Papa Paolo III, di ritorno da Nizza in direzione di Genova, per quello che rappresentò, per quei tempi, un vertice internazionale di prim'ordine. In quella circostanza il Grand'Ammiraglio istituì persino una gabella "perché vi siano sempre un medico e maestro di scuola": ed era molto per una città che era famosa più per l'ottusità e la litigiosità delle sue amministrazioni che per altri meriti. Nel 1576, sedici anni dopo la sua scomparsa, Oneglia venne venduta ai Savoia. Le tracce della dominazione dei Doria ad Oneglia (iniziata nel XIII secolo da un ramo della famiglia Doria che, comunque, cercò sempre di promuovere le proprie ambizioni smarcandosi in un certo senso da Genova) restano tuttavia ancora ai giorni nostri, come dimostrano anche le recenti scoperte archeologiche di un bastione dell'epoca. L'Onegliese non ebbe, peraltro, eredi degni di lui: segno che l'eccezione doriana era definitivamente tramontata e si stava ritornando alla pratica della violazione dei patti così frequente prima del Grand'Ammiraglio. E ciò, nonostante l'accusa di qualche storico, dimostratasi poi infondata, di aver tradito la Francia per la Spagna, dimenticando che il patto che legava il Doria a Francesco I era comunque scaduto.
In proposito si riporta quanto si legge una relazione (elaborata a seguito della consultazione di documenti dell'epoca) di Jean Denizet, che scrive, tra l'altro: "Délivrée en 1527 par André Doria qui la remit sous la domination du roi de France, Gènes récut pour gouverneur le maréchal Trivulce. André Doria fut alors nommé commandant en chef de la flotte du Levant, mais à la suite d'intrigues menées à la Cour de France, il fut destitué. Il se torna alors du coté de Charles V qui le combla d'honneur et d'argent". L'alleanza tra Carlo V e Andrea Doria durò trentanni. Certamente l'Ammiraglio ne ricavò vantaggi personali e famigliari, ma chiese contemporaneamente compensi a favore della propria città (Genova, soprattutto, ma anche, ovviamente, Oneglia) e della libertà di commercio di tutti i liguri. Il 9 settembre 1528 il Doria si era presentato con la sua flotta davanti a Genova, dove era sbarcato come un trionfatore e un liberatore. Il governatore filo-francese Trivulzio si arrese. Il 28 settembre Savona, difesa senza troppa convinzione dal contingente francese del Saint-Pol, aprì le porte agli uomini del Doria. Iniziò un periodo triste per Savona, che per garantirsi la libertà da Genova, aveva sempre conservato uno speciale rapporto di alleanza con la Francia. Nonostante le assicurazioni fornite al governatore francese Montmorency, i savonesi subirono, invece, soprusi e danni incalcolabili ad opera principalmente dei vicini e non tanto da parte dei genovesi: in questa azione di saccheggio si distinsero, infatti, gli abitanti di Albisola e della campagna. E tutto questo mentre Andrea Doria era impegnato nella creazione di una nuova Repubblica aristocratica ligure che raggiungerà vertici di potenza e di prosperità mai visti.
La diffidenza savonese, ma anche quella del Finalese, oltre che la scarsa docilità politica della Corsica e l'insofferenza fiscale di Sanremo, rappresenteranno sempre, tuttavia, continue spine nel fianco della Superba. L'Oneglia del Doria, una volta venduta ai Savoia, costituirà, a sua volta, un'insidiosa testa di ponte piemontese sul mar ligure, collegandosi a quella Nizza sabauda, dove, in fondo, le fortune diplomatiche e politiche di Andrea Doria erano culminate in coincidenza del tentativo di Papa Paolo III di riportare la pace in Europa durante il conflitto franco-spagnolo.
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